中华人民共和国南京海关于1979年1月1日 正式成立。这是党的十一届三中全会召开以后，我国在长江内河设立的第一个海关机构。经过20多年的发展，南京海关各项工作取得显著进步，已步入海关系统大关行列。
南京海关直属国家海关总署领导，现为正厅局级海关,负责江苏省内各口岸进出境货物、运输工具监管，进出境人员行李物品验放，同时办理征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计等海关业务。截止2002年底，南京海关下辖2个副厅局级海关，19个正处级海关，15个副处级办事处，以及1个缉私局和9个缉私分局。南京海关坚持“从严治关”方针，培养造就了一支爱岗敬业、廉洁奉公、精通业务的海关队伍。
南京海关的监管区域为江苏省全境，随着江苏省对外开放的不断扩大，南京海关业务工作成绩突出，监管进出口货运量，征收关税和进口环节税，办理加工贸易备案料值等主要业务指标在全国海关排名前列。南京海关始终保持打击走私高压态势，对各类走私违法行为严防猛打，有力地维护了江苏口岸正常的进出口秩序。
南京海关坚决贯彻“依法行政、为国把关，服务经济、促进发展”工作方针，大力推进通关作业改革，加快建设现代海关制度，“管好自己的人，把好国家的门”，为促进江苏省开放型经济发展作出了贡献。
